La jurisdicción política administrativa del cantón Paquisha al igual que gran parte del territorio de la provincia de Zamora Chinchipe se encuentra dentro de los dominios territoriales de la cuenca del Río Santiago, la cual recorre los territorios  de Ecuador y del Perú. Los ríos Santiago y Chinchipe son tributarios del Marañón y éste a su vez de la cuenca alta del río Amazonas.   

Las coordenadas geográficas que limitan al cantón Paquisha son: 78° 40´27” de longitud oeste y 3° 56´56” de latitud sur.  En sus cuatro extremos se encuentra limitado por los siguientes cantones:  

-    Al Norte: el cantón Yantzaza
-    Al Sur: el cantón Nangaritza
-    Al Este: el límite internacional con el Perú
-    Al Oeste: el cantón Centinela del Cóndor.